Seiskarissa oli kolme kirkkoa. Kaikki saaren kirkot sijaitsivat Pohjakylässä. Ensimmäinen kirkko rakennettiin noin 1750, toinen 1767 ja kolmas 1878.

Seiskarin ensimmäinen kirkko sijaitsi saaren pohjoispäässä. Paikka oli Pohjapäänniityn ja Suursuon välissä olevalla kumpareella. Paikka oli aidattu, koska siellä sijaitsi mm. perunapelto ja kirkko oli "ihan siin aian vieres". Vanhat saarelaiset yleisesti muistivat ensimmäisen kirkon sijainneen "Eevertin niityl".

Toinen kirkko, jota kolmannen kirkon valmistuttua alettiin kutsua "vanhaksi kirkoksi", rakennettiin 1767 Viipurin hiippakunnassa kerätyillä kolehtivaroilla. Kirkko sijaitsi hautausmaan pohjoisreunassa. Kirkko oli kuusikulmainen, halkaisijaltaan 10 metriä ja sinne mahtui jopa sata henkeä. Katto oli tehty paanuista ja sen harjalla oli tuuliviiri, joka esitti leijailevaa enkeliä, jolla oli käsissään pelastusrengas. Kirkkoon oli rakennettu kolmelle seinälle parvet, joihin mahtui kolme penkkiä. Alhaalla oli 16 penkkiä. Kirkossa oli kaksi saarnatuolia, isompi tuoli oli papille ja pienempi maallikkosaarnaajalle eli lukijalle. Kirkon katossa oli neljä votiivilaivaa ja kynttiläkruunut. Alttariseinällä oli viisi 1700-luvulta peräisin olevaa kookasta öljymaalausta, jotka kertoivat pääsiäisajan tapahtumista. Seurasaaren ja Viipurin ulkomuseot olivat aikoinaa n kiinnostuneita kirkosta. Saarelaiset päättivät kuitenkin säilyttää sen Seiskarissa museona ja nähtävyytenä kesävieraille.

Kolmas kirkko, ns. uusi kirkko, rakennettiin 1878 saarelaisten omien piirustusten pohjalta. Lopullisen asunsa se sai 1903, kun piirustusten mukainen torni rakennettiin. Kirkko oli puhtaan valkoinen niin ulkoa kuin sisältäkin aina alttaritekstiilejä myöten. Kirkossa oli kaksi kelloa, iso ja pieni. Kelloja saatettiin soittaa myös sumusäällä, jos tiedettiin saarelaisia olevan merellä. Alttaritaulussa oli kuvattuna Jeesuksen taivaaseen astuminen. Viisiosaisen ehtoolliskaluston lahjoitti 1906 Venäjän keisarinna Katariina. Kirkossa oli kauniit kynttiläkruunut, monihaarainen alttarikynttelikkö sekä saarnatuolin vieressä seinällä kynttilälampetti. Votiivilaivoja tässäkin kirkossa oli neljä.

Viimeinen jumalanpalvelus kirkossa pidettiin sunnuntaina, 8. lokakuuta 1939. Edellisenä päivänä oli tullut määräys saaren evakuoinnista. Molempien kirkkojen irtaimisto ja arkistot evakuoitiin valtion avulla kunnan hoitokunnan pyynnöstä 29.11.1939.

Seiskarilaisten lähdettyä evakkoon venäläiset joukot miehittivät saaren. Venäläiset tyhjensivät kirkosta penkit ja muut kalusteet ja tekivät siitä hevostallin. 1950-luvun alkupuolella venäläiset purkivat kirkon viimeistä hirttä myöten ja kuljettivat hirret, ikkunat ja muun käyttökelpoisen materiaalin Inkerinmaalle.

Kirkon esineistöä on mm. Kustavissa ja Uudessakaupungissa. Ehtoolliskalusto, kyntteliköt ja Jaakko Pullin rakentama votiivilaiva ovat Karjatalon kappelissa Helsingissä. Toinen uuden kirkon kelloista päätyi Pohjois-Namibiaan ja toinen Tansaniaan, Mateman kirkkoon.

Seiskariin on haudattu Olavi Simolan tekemien laskelmien mukaan vuoteen 1939 mennessä arviolta n. 3500 syntyperäistä tai muualta muuttanutta seiskarilaista. Hautoja oli jo yli tuhat 1700-luvun loppuun mennessä. Myös Sysmäen vieressä on ollut hautausmaa, johon on haudattu karanteenisairaalassa kuolleita. Myös ensimmäisen kirkon yhteydessä on todennäköisesti ollut hautoja. Viimeisintä hautausmaata on laajennettu ainakin kahteen kertaan, viimeeksi 1800-luvun loppupuolella. Hautausmaa oli kokonaisuudessaan ympäröity kiviaidalla ja hautausmaan ainoa portti sijaitsi sen eteläsivulla. 16.10.1927 päätti kirkolliskokous teettää "lepokiven" hautausmaan portille. Se tehtiin 1929 sementistä.

Hautausmaa on rehevöitynyt. Muistomerkkejä ei ole kuin muutama näkyvissä. Puuristit ovat lahonneet ja osa muistomerkeistä on mahdollisesti käytetty materiaalina mm. lentokenttätyömaalla. Kiviaita on mieltei kokonaisuudessaan hävinnyt. Katafalkit ovat lohkeilleet ja sammaloituneet. Rautaportti on vielä tallella, joskin eri paikassa.

Seiskari-seura on teettänyt ja kiinnittänyt hautausmaalle muistolaatan, jossa on teksti: "Menneiden sukupolvien muistoa kunnioittaen, Seiskari-seura r y. Tällä paikalla on sijainnut Seiskarin hautausmaa".